500细胞也可以做ChIP

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染色质免疫共沉淀(ChIP)是常用的细胞内蛋白-DNA相互作用研究方法。可用于转录调控分析、基因表达分析、基因启动子分析等方面的研究。实验利用抗原抗体沉淀反应,将与特定蛋白结合的DNA片段一起沉淀,进而进行PCR、荧光定量PCR、测序等分析。

ChIP实验大致可以分为四大步骤:1、蛋白-DNA交联;2、染色质片段化;3、蛋白共沉淀;4、靶标鉴定与检测。第一步蛋白-DNA交联是要保证蛋白与DNA的结合状态,交联不足影响蛋白与DNA结合状态,交联过度则影响染色质片段化。多用1%的甲醛作为交联剂来交联已结合的蛋白与DNA,对直接作用于DNA的蛋白有比较好的效果,对间接作用于DNA的蛋白则基本没有作用。第二步片段化的形成的DNA片段大小则会影响后续的DNA片段回收及鉴定、检测。染色质的片段化通常采取超声破碎的方法,具体处理的方式根据具体样本进行调整,因为超声波进行片段化的随机性,极大地影响实验的重复性。第三步蛋白共沉淀关系到是否能收集到目标DNA片段,关键是抗体。必须选择IP级别的抗体;单抗特异性高,背景较少,但是也存在单一位点在实验过程中被意外封闭的可能;多抗可能会产生背景,多个位点同时被封闭的可能性极低。最后一步收集到DNA片段以后,根据实验具体情况选择检测方式,直接影响最终的实验结果。

现行通用的ChIP实验方法有一些缺点,特别是实验需要大量的细胞(106-107),很多只有少量细胞的样本无法使用ChIP方法。美国Signosis通过大量的实践,对常规的ChIP实验方法进行改进,推出了

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