名侦探柯南目录(更新至2014年6月29日)
说明：
1．带★表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），◆表示动画原创（即漫画原作中没有的），B表示出现黑衣组织，F表示出现FBI，C表示出现CIA，S表示出现工藤新一，X表示出现服部平次，K表示出现怪盗基德（注意不要将标注与动画名称相混淆）。关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
2．电视上播放的动画顺序与DVD版的收录顺序并不一致，该列表以日本电视台播放顺序为准。
3．世纪华创版的国语版动画视频资源（爱奇艺、优酷、搜狐视频国语版均为华创版）里，将日语版中的特别篇进行了拆分，因此其目录与日语版有差异。目前爱奇艺最后一集
[6]“750集《怎么可能！UFO坠落事件》”对应日语版第698集。对照表详见参考资料。
4．2011年8月~2012年12月间播出的《怪盗基德忙碌的约会》《公主殿下爱魔术》等以怪盗基德（黑羽快斗）为主要人物的11集动画，改编自青山刚昌的另一部漫画作品《魔术快斗》，以柯南特别篇形式播出，日本官方未算入《名侦探柯南》动画目录中，后作为《魔术快斗》动画版第2~12集收录入《魔术快斗》DVD中。但部分视频网站将其作为柯南正式动画并将目录续接下去，是错误的（《魔术快斗》动画第1集为独立播出，因此未被误算入柯南目录中）。对照表详见参考资料。
1996年（1－42） 1 云霄飞车杀人事件 B/S
2 董事长千金绑架事件
3 偶像密室杀人事件
4 大都会暗号地图事件
5 新干线大爆破事件
6 情人节杀人事件◆
7 每月一件礼物恐吓事件
8 美术馆杀人事件
9 天下第一夜祭杀人事件
10 足球选手恐吓事件
11 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
12 步美被绑架事件
13 奇怪的寻亲杀人事件
14 谜样的讯息狙击事件◆
15 消失的尸体杀人事件
16 古董收藏家杀人事件
17 百货公司挟持事件◆
18 六月新娘杀人事件
19 电梯杀人事件◆
20 鬼屋杀人事件
21 电视台外景队杀人事件◆
22 豪华客轮连续杀人事件（前篇）
23 豪华客轮连续杀人事件（后篇）
24 丧失记忆的美女事件◆
25 真假人质绑票事件◆
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